Pastor i Pinsekirken Mjøndalen er Kjetil Chr Garder. Pastor leder kirken i bl.a teologiske og åndelige spørsmål.
Pinsekirken Mjøndalen ledes av et styre på 3 personer i tillegg til pastor. Dette er Kristin Bergill (styreleder), Arne Gundersen, og Karin Dagestad. Styret har den daglig ledelse og kompetanse i alle saker som ikke hører under menighetsmøtet eller pastor.
Øverste myndighet i kirken er menighetsmøtet som tilsvarer en generalforsamling av fullverdige registrerte medlemmer. Kirken ledes iht Lov om trossamfunn, og iht egne vedtekter og retningslinjer.